La sala di preghiera principale

è la sala di preghiera più grande della Sheikh Zayed Grand Mosque e può ospitare circa 7800 fedeli. è uno spazio utilizzato anche per importanti preghiere e grandi celebrazioni, come Eid, il mese santo del Ramadan ed i sermoni del venerdì. La simmetria della moschea è un elemento centrale dell'architettura islamica. Praticamente tutto si ripete lungo i lati, come in uno specchio. Tutte le sale di preghiera della moschea sono state pensate per offrire un ambiente tranquillo e sereno, a partire dalle colonne, anche i dettagli decorativi delle pareti, il tappeto ed i lampadari, che sono uno degli elementi più caratteristici delle sale di preghiera. La simmetria della moschea è un elemento centrale e caratteristico dell'estetica islamica, dove tutto si ripete sui lati del centro, come un'immagine speculare.

La moschea ha altre due sale di preghiera, una per gli uomini e una per le donne, ognuna delle quali può ospitare 1500 fedeli per le preghiere giornaliere